冷冻干燥机在选购时，不仅仅要考虑价格，还要考虑其适用性，是否符合实验室的使用要求。一般而言，选购冷冻干燥机有以下几点考虑因素：
 
一、冻干面积
冻干机型号中的数字代表该型号冻干机的冻干面积，我们应根据自己的需要，通过计算来确定需用多大冻干面积的冻干机。例如每批需冻干1.8公斤（升）液体量的产品，用物料盘装载物料，每盘装载10㎜厚，则可计算得冻干板层的负荷面积：
A(面积，㎡)=V(体积，m3 )/H(高度，m)=0.0018 /0.01m=0.18㎡
即需选用板层负荷面积为0.18㎡的冻干机。
 
二、冷阱温度
冷阱是冷冻干燥过程捕获水分的装置，理论上讲，冷阱温度越低，冷阱的捕水能力越强，但冷阱温度低，对制冷要求高，机器成本及运转费用高。
 
三、降温速率
降温速率体现制冷系统的制冷能力，在空载情况下,冷阱温度应在1小时内达到指标规定的最低温度。例如，冷阱温度≤-60℃的冻干机，机器从打开制冷开始计时，冷阱温度达到-60℃的时间应不大于1小时。
 
四、 极限真空度
极限真空度体现冻干机的泄漏情况及真空泵的抽气效率。冻干箱的真空度，过去的观点认为真空度是越高越好，现在的观点认为真空度应在一个合理的范围之内。真空度太高了，不利于传热，干燥速度反而下降，但无论如何冻干箱的空载极限真空度应达到15Pa以下。
 
五、抽真空时间
冻干箱空载的抽空速度，应在半小时之内从大气压抽到15Pa。
 
六、板层温度均匀性及平整度
板层温度的均匀性和平整度,对产品质量的均一性有很大的影响,温度均匀性和平整度越好，则冻干产品质量的均一性也越好。
冻干机搁板温度控制有加热器型和中间流体型，采用中间流体控制板层的冻干机搁板温度均匀性和平整度好，这种冻干机板层为空心夹层结构，板层的制冷和加热均通过中间流体在板层内部的流体通道循环来实现，因此板层温度均匀一致。
 
七、控制系统
冻干机的控制系统类型及功能各异，对于实验系列的冻干机，主要应用于物料的冻干工艺摸索和少量试生产。因此，控制系统应可实时显示冻干过程参数并自动记录；设定、修改及有效地执行冻干工艺程序；具备通讯接口，便于数据采集、保存。