电子显微镜常见的类型主要有3种：透射电镜 TEM、扫描电镜SEM以及反射电镜REM。
一、透射电子显微镜 TEM
透射电子显微镜是电子显微镜的原始类型，它的主要原理是将高压电子束引导至样品以照亮样品并产生样品的放大图像。由于透射电镜具有原位观察、高分辨显像等功能，适宜观察光学显微镜观察不到的细微结构。比如：细胞、组织分析、晶体结构等。

透射电镜显微成像原理是：通过钨丝电极的阴极发射电子束，再用阳极加速电子束，当电子束穿过标本时，它会发生散射，并提供标本微观结构的图像，可以通过显微镜的物镜观察到。其中的静电和电磁透镜均有助于电子束的聚焦。

二、扫描电子显微镜 SEM
扫描电镜的应用较为普遍，扫描电子显微镜原理是：通过光栅扫描技术来产生标本的放大图像。它引导聚焦的电子束穿过样品的矩形区域，当电子束通过时会产生能量损失。该能量会被转换成热、光、二次电子等能量同时反向散射电子。此时通过软件系统进行翻译转换后得到清晰的标本图像信息。从成像原理分析，扫描电子显微镜的分辨率会比透射电子显微镜的分辨率稍差。但它的优势在于可以利用表面处理，创建大样本的图像，尺寸可达几厘米，并且具有较大的景深。因此，来自 SEM 的图像可以较好地表达样品的真实形状。

三、反射电子显微镜 REM
反射电子显微镜涉及检测从被检查的样品反射的弹性散射电子束。反射高能电子衍射 (RHEED) 和反射高能损失光谱 (RHELS) 技术通常用于此类显微镜。

由于电子显微镜的原理及用途也各不相同，所以应用领域也不同。比如：TEM透射电镜广泛应用于科研实验室主要用于来研究细菌、组织切片和其他微生物。另外，SEM 还经常用于材料科学研究的测试和故障分析，检查高温下的超导体、合金强度和纳米管。